Lo que tenía que ser una fiesta terminó en incidentes, palazos, pirotecnia e hinchas del Santos detenidos por la policía. Independiente clasificó a cuartos de final de la Copa Libertadores luego del 0 a 0 de esta noche y del 3 a 0 que le otorgó la Conmebol en la ida por la mala inclusión de Carlos Sánchez en el equipo brasileño.
La historia estaba igualada en cero cuando a los 80 minutos se comenzaron a registrar incidentes en las tribunas del Estadio Pacaembú. Un grupo de hinchas comenzaron a tirar petardos y bengalas al campo de juego. Rápidamente los futbolistas de Independiente se juntaron en el centro del campo de juego para refugiarse de los ataques.
El árbitro Julio Bascuñán esperó 5 minutos a ver si la Policía brasileña podía restablecer el orden, pero no fue posible. El chileno no dio vueltas: juntó a los jugadores de ambos equipos y decretó el final del partido; de esta manera Independiente pasó a cuartos de final de la Copa en un ambiente totalmente hostil. Los hinchas brasileños no soportaron el fallo de la Conmebol que le dio el 3 a 0 al Rojo en la ida.
Cerca del final del primer tiempo, Independiente desperdició una chance única: el arquero Vanderlei le tapó un penal a Maxi Meza.